2025年圣彼得堡市拥有科研机构358家，其中俄科院直属机构40余家、国家科学中心10家，约占全俄科研机构总数的8.7%。科研人员约7.22万人，约占全俄的10.8%。R&D投入约2414亿卢布，约占全俄的11.7%；R&D占GDP比重为1.45%，远超全俄平均水平（1.02%）。

《俄罗斯各联邦主体2025创新发展排行榜》中，莫斯科、鞑靼共和国和下诺夫哥罗德州占据前三位，圣彼得堡名列第四，这也是自榜单发布以来圣彼得堡首次跌出前三名。圣市的主要创新优势为：创新活动的社会经济条件与出口活力；劣势主要体现在：创新活动与创新政策。

圣彼得堡国立大学教授、通讯院士库兹涅佐夫获得2025年度俄罗斯国家科技奖；圣市五位学者获得本年度俄罗斯政府科技奖。

圣市政府支持科技与创新的主要项目与经费包括：需求导向型科研项目、科研团队项目、圣市科学技术奖、农业研发补贴、医疗领域高成熟度项目、高校青年教师项目、科学与高等教育领域最佳创新项目等。主要平台包括：国家技术倡议研发平台、世界一流科学中心、专业教学科研中心、世界一流现代大学园区和创新科研中心、进口替代工程中心、技术转移中心等。